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Sul discorso antibioticoterapia prolungata ci sono pareri discordanti, ma dagli ultimi studi è emerso che la terapia prolungata sembra essere meno efficace di quella breve. Sono state seguite numerose donne con cistite ed alla metà è stato somministrato antibiotico per 3gg, all'altra per 7/10gg. I risultati sono stati identici, ma nel secondo gruppo gli effetti collaterali (diarrea, disbiosi intestinali, candida, ecc) sono stati maggiori ed hanno contribuito alla recidiva della cistite stessa. Per questo i medici, in base alle nuove linee guida, tendono a prescrivere antibiotici per brevi periodi. Ovviamente tutto ciò è valido nei casi di cistiti isolate. In caso di cistite cronica il discorso cambia e le terapie vengono dai medici protratte anche per mesi.